Historia Studium Muzyki Kościelnej wpisuje się w ponad 120-letnie dzieje szkolnictwa muzycznego w Częstochowie. Można stwierdzić zatem, że jest starsza niż historia samej diecezji częstochowskiej (1925). Bowiem już w roku 1904 Ludwik Wawrzynowicz, organista i kompozytor zakłada w Częstochowie prywatną szkołę muzyczną kształcącą przede wszystkim przyszłych organistów. Po II wojnie światowej szkoła Wawrzynowicza zostaje włączona w struktury tworzącego się państwowego szkolnictwa muzycznego.
W latach komunistycznej dyktatury ruguje się naukę gry na organach, jako instrumencie jednoznacznie kojarzonym z liturgią prześladowanego wówczas Kościoła katolickiego. Dlatego też biskupi częstochowscy widzą potrzebę zorganizowania kościelnej szkoły kształcącej organistów i muzyków kościelnych. Tak powstaje jako kościelna instytucja formacyjno-dydaktyczna Diecezjalne Studium Organistowskie (od 1992 roku Archidiecezjalne Studium Organistowskie). Siedzibami DSO są początkowo pomieszczenia parafii katedralnej przy ul. Krakowskiej, a następnie sale katechetyczne parafii Matki Bożej Zwycięskiej w Częstochowie. Warunki lokalowe Studium są wówczas bardzo skromne.
W roku 2007 staraniem ks. dr. hab. Mariana Dudy DSO przechodzi znaczącą reorganizację i zostaje włączone w strukturę Wyższego Instytutu Teologicznego im. NMP Stolicy Mądrości jako Studium Liturgii i Muzyki Kościelnej. Zyskuje nową, zdecydowanie lepszą bazę lokalową, akademicką formułę, powiększa się też zespół wykładowców.
Kolejna reforma Studium odbywa się w roku 2023. W związku z przekształceniem wielokierunkowego WIT-u w kształcący tylko na kierunku teologicznym Instytut Wyższych Studiów Teologicznych Studium staje się samodzielną szkołą kościelną archidiecezji częstochowskiej. Dnia 20 września 2023 r. abp Wacław Depo, metropolita częstochowski nadaje naszej placówce nową nazwę: Studium Muzyki Kościelnej Archidiecezji Częstochowskiej oraz zatwierdza jej Statut i Regulamin. SMKACz pozostaje w budynku dydaktycznym archidiecezji częstochowskiej przy ul. św. Barbary 41, gdzie dysponuje szeregiem sal do zajęć zbiorowych i indywidualnych. Konsekwentnie powiększane jest też instrumentarium, zakupione zostają organy piszczałkowe typu multiplex firmy Peels & Zoon, które obok zabytkowych 12 głosowych organów Riegera stanowią podstawę instrumentarium SMKACz. Ponadto dzięki uprzejmości Instytutu „Niedziela” udaje się pozyskać fortepian Weinbach. Zakupione zostają również organy cyfrowe: nowy instrument Johannus Studio 260 oraz używane organy Johannus Wesley. Zakupiono ponadto dwa pianina i odrestaurowano fisharmonię. W roku akademickim 2025/2026 SMKACz posiada dwa instrumenty piszczałkowe, cztery organy cyfrowe, dwa fortepiany, dwa pianina oraz fisharmonię.
Na przestrzeni lat istnienia Szkoły Organistowskiej w Częstochowie kierowali nią:
Ludwik Wawrzynowicz, Antoni Szuniewicz, ks. Władysław Konieczka, ks. Kazimierz Szymonik, ks. Piotr Łysikowski, ks. Paweł Maciaszek, ks. Mikołaj Węgrzyn, ks. Łukasz Połacik.